Nell’aprile 1959, poco dopo la morte di don Primo Mazzolari, si costituì a Bozzolo un Comitato, con lo scopo di tenerne viva la memoria. Era già presente l’intenzione di ripubblicare le opere di don Primo ormai esaurite e di promuovere l’edizione di quelle ancora inedite. Il Comitato era presieduto dal Sindaco di Bozzolo, mentre suo segretario era Libero Dall’Asta, che mantenne i contatti con gli amici di don Primo e con gli studenti che intendevano preparare tesi di laurea su don Mazzolari.
Nel 1981 fu formalmente costituita la Fondazione Don Primo Mazzolari, con lo scopo di “raccogliere, custodire e diffondere il patrimonio documentale storico attribuibile allo stesso Don Primo Mazzolari, studiare, promuovere e valorizzare la sua opera” (dallo Statuto).
Presidente del Consiglio di amministrazione fu don Piero Piazza. Venne pure costituito un Comitato scientifico, diretto da Arturo Chiodi. La Fondazione fu riconosciuta giuridicamente nel 1985 e nel 1987 essa prese possesso della sede in via Castello 15 a Bozzolo.
Negli anni furono frequenti i convegni di studio, i cui atti vennero via via pubblicati. Non mancarono riconoscimenti quali le udienze concesse da Paolo VI e Giovanni Paolo II, nonché dal presidente della Repubblica Cossiga (1985).
Nel 1967 ebbe inizio la pubblicazione di un «Notiziario mazzolariano», che nel 1990 si trasformò nella rivista semestrale: «Impegno. Rassegna di Religione, Attualità e Cultura». Mentre si provvedeva alla stampa o alla ristampa delle opere di don Mazzolari, si curava l’incisione su dischi di alcune sue prediche. Nel 1970 venne realizzata la copia anastatica dell’intera collezione di «Adesso».
Nel 1996 fu inaugurato l’Archivio, ricco di ben 16.000 documenti. Nel corso degli anni l’archivio si è arricchito e conta oggi 35000 documenti, tutti inventariati.
Nel 1992, alla morte di don Piazza, fu nominato nuovo presidente della Fondazione don Giuseppe Giussani, cui succedette, nel 2010, don Bruno Bignami e, nel 2020, Paola Bignardi.
Nel 1997 Giorgio Campanini subentrò a Arturo Chiodi come presidente del Comitato scientifico della Fondazione; nel 2002 gli subentrò Giorgio Vecchio.
Nel 2015 la diocesi ha avviato la causa di beatificazione del Servo di Dio don Primo Mazzolari.
L’11 novembre 2016 il Presidente della Repubblica Sergio Mattarella è venuto a rendere omaggio a don Primo visitando anche la Fondazione.
Il 20 giugno 2017 anche Papa Francesco ha voluto rendere omaggio al prete cremonese venendo a pregare sulla sua tomba a Bozzolo.